Wenn man mit JavaScript neue Html Elemente anlegen will, in die wiederum JavaScript Code eingebunden / eingebettet sein soll, funktioniert es nicht den JavaScript Code über innerHTML dem Element zuzuweisen.
Folgende Lösung schafft allerdings Abhilfe:
//neues Skript Element mit JavaScript Code anlegen und in Html Element einbinden /einbetten
var script = document.createElement("script");
script.setAttribute('type','text/javascript');
script.text='alert(\'This is added js code\');';
document.getElementById("parentDiv").appendChild(script);
Zu beachten ist allerdings, dass setAttribute in älteren Internet Explorer Versionen (IE6) Probleme bereiten könnte.